反相液相色譜柱使用新鮮潔凈的水與乙腈。沖洗系統，確保系統干凈，不含任何緩沖鹽和污染物。
取用色譜柱時避免磕碰掉落。
將色譜柱入口端連接到系統上，柱出口端先不要連接，色譜柱身上有箭頭標明正確流向。
在0.1mL/min流速條件下用純乙腈潤洗色譜柱，然后在2分鐘內將流速升至0.5mL/min。
當溶劑均勻的從柱出口端流出，停流速，將色譜柱出口端接到系統檢測器上（這樣可以避免氣泡進入檢測系統，并且可快速達到基線平衡）。
重啟流速，按照步驟4的方法逐漸提高流速，至常規分析時所使用的流速。
參考柱效測試報告中的方法，使用該流動相條件平衡色譜柱，通常需要使用5-10倍柱體積的流動相，直至壓力與基線穩定。
測試柱效。如果沒有柱效測試報告中的分析物，請沃特世化學消耗品部門尋求支持，使用合適的濃度與進樣量。柱效結果略低于柱效測試報告屬正常情況。如結果明顯偏低、峰形拖尾，提示色譜柱和/或所使用的液相系統處于非理想狀態，需要進行故障排查。
